Игровой процесс

Большая часть действия Vagrant Story происходит в подземельях, разделенных на множество комнат. Управление героем осуществляется в режиме от третьего лица, но в режиме паузы можно осмотреть окружение в режиме от первого лица. Вся игра, включая модели персонажей, выполнена в трёхмерной графике. Передвижение происходит в режиме реального времени, в правом нижнем углу экрана показывается схематичная карта текущей локации.

Главный герой Эшли может бегать, прыгать, забираться на уступы; для преодоления некоторых препятствий необходимо переносить или толкать размещенные в подземельях ящики и каменные блоки, что добавляет в игровой процесс элементы головоломок и платформера. Уже единожды решенные головоломки можно решать заново, повторно посещая комнату с головоломкой.

В Vagrant Story присутствует большое количество оружия и доспехов разных родов. В игре отсутствуют торговцы и магазины, однако оружие и доспехи добываются игроком в качестве трофеев с поверженных противников или из сундуков с сокровищами. В специальных комнатах-мастерских игрок может ремонтировать и усовершенствовать имеющееся вооружение, или же конструировать новое. Любое оружие имеет три набора характеристик — тип: колющее, дробящее или рубящее; уровни стихий, отвечающие за эффективность против противников с разными стихиями; и отдельные шкалы эффективности против различных классов противников. При использовании оружия против различных врагов эти параметры меняются, повышаясь или понижаясь; целенаправленно повышая определенные характеристики оружия, можно сделать его крайне эффективным. При нанесении и получении урона оружие и доспехи изнашиваются, так что игрок должен следить за состоянием вооружения и вовремя его ремонтировать.

Как и в ряде других игр Square, в Vagrant Story после первого полного прохождения игроку становится доступна «Новая игра+» — возможность начать игру заново, сохранив вооружение и способности из предыдущего прохождения. Эта опция позволяет получить доступ к недоступным в первом прохождении уровням с более сильными противниками и ценными сокровищами.

Боевая система

Встреченные в отдельных комнатах противники перемещаются в реальном времени и могут свободно атаковать Эшли; как правило, комнату нельзя покинуть, не уничтожив всех противников в ней. Боевая система Vagrant Story имеет сходство с другой игрой Square — Parasite Eve. Хотя бой проходит в реальном времени, нажатием определённой кнопки игрок может приостановить игру для атаки. При этом вокруг героя появляется сфера поражения — она соответствует длине оружия, которым в текущий момент вооружен персонаж. У короткого оружия, такого как кинжалы или короткие мечи, радиус сферы очень мал, но скорость атаки выше, чем у алебард или арбалетов. Если внутрь сферы поражения попадает какая-либо из частей тела противника, по ней можно совершить удар. У многих противников одни части тела более уязвимы к определённым видам оружия и определенным способностям, чем другие, так что победа над тем или иным врагом часто представляет собой тактическую головоломку.

Если первый удар попал по врагу и нанёс ему урон, игрок может продолжить связку ударов, в соответствии с подсказкой на экране нажимая в определённый момент одну из кнопок атаки. В распоряжении игрока находится ряд специальных способностей — некоторые из них наносят врагу дополнительный урон, другие позволяют восстановить здоровье или иные характеристики самому персонажу. Однако с каждым последующим ударом продолжить связку становится сложнее.