Странствуя по городу и его окрестностям в поисках Сиднея и Калло, Эшли встречает сомнительного союзника — другого рискбрейкера, Розенкранца. Он утверждает, что ВРМ и парламент знали о темных силах, обитающих в Леа-Монде; парламент ограждал города людей от Тьмы, но в Леа-Монде Тьма обитала изначально. Розенкранц также предлагает Эшли другую версию показанной Сиднеем сцены убийства женщины и ребенка — Эшли случайно убил совершенно посторонних людей, а потом, повинуясь приказу ВРМ, забыл об этом. Розенкранц встречается с Гильденстерном и Самантой, сообщая им, что весь город и представляет собой «Гран-Гримуар» — огромный магический круг, в центре которого находится Великий Собор.

Калло, вместе с маленьким Джошуа остающаяся пленницей мюлленкампцев, открывает в себе новый талант — читать мысли окружающих. Она видит эти мысли в виде серых призраков, обращающихся к ней; читая мысли Хардина, она узнает о планах секты и о недоверии между Хардином и Сиднеем; мысленный образ Сиднея Калло видит в виде маленького мальчика, очень похожего на Джошуа. Сидней намерен передать Эшли власть над Леа-Мондом, видя в рискбрейкере достойного преемника для своего отца, герцога Бардорбы. Сам Эшли не желает становиться наследником, и его единственная цель в данный момент — спасение Калло Мерлоуз. Розенкранц считает наилучшим наследником города себя самого и пытается силой добится от Сиднея передачи власти над Тьмой ему. Оживленная Сиднеем статуя убивает Розенкранца.

Гильденстерн и немногие оставшиеся у него люди добираются до верхних этажей Великого Собора, где находят Калло, Хардина и Джошуа. Гильденстерн осознает, что ключ к городу Сидней всегда носил при себе: власть над Тьмой Сиднею дает выжженное на его спине клеймо в виде перевернутого распятия — «Кровавый Грех». Гильденстерн намерен подчинить Тьму себе и с ее помощью обрести власть над другими людьми, поработив Валендию; он заживо сдирает кожу с Кровавым Грехом со спины Сиднея и прилепляет к себе на спину. Действительно, Тьма подчиняется ему — Гильденстерн получает сверхчеловеческую силу и приобретает демонический облик, однако Эшли сходится с ним в финальном бою и побеждает.

После победы на спине Эшли появляется новое клеймо — передача власти свершилась. Леа-Монд рушится, уцелевшие герои покидают город. Хардин вскоре умирает, судьба Калло и Джошуа остаётся неизвестной. В эпилоге умирающего герцога Бардорбу под личиной Эшли посещает Сидней, сообщая отцу об успешной передаче наследства. В последние минуты жизни герцог убивает Сиднея и умирает сам. В финале игры Эшли, овладевший своими новыми силами и скрывающийся под личиной Калло, появляется на улицах Вальнейна.

Разработка

По словам руководителя и продюсера Мацуно, команда разработчиков не стремилась вместить Vagrant Story в формат какого-то определенного жанра. Игра содержит элементы и компьютерной ролевой игры, и квеста, и платформера; необходимость для игроков думать и тщательно избирать вооружение и тактику боя, с точки зрения Мацуно, делали ее сродни тактическим ролевым играм. Процесс разработки игры был основан не на долгосрочном планировании, а на мозговых штурмах и сборе идей у всех сотрудников студии. Хотя при работе над Vagrant Story и использовался опыт предыдущих проектов, она была задумана как нечто совершенно новое, отличающееся от игр-предшественниц и внешне, и по содержанию — стилю игры, чувствам, которые она должна вызывать у игроков.