Помимо атак с помощью оружия, игрок в Vagrant Story может использовать магические заклинания, тратя на их применение очки магии. Чтобы освоить то или иное заклинание, необходимо найти и использовать специальный предмет-гримуар. Разнообразные заклинания позволяют уничтожать врагов, усиливать персонажа или восстанавливать ему очки жизни, а также упростить путешествие по подземельям — например, позволяя увидеть скрытые ловушки или отпереть запертые сундуки с сокровищами. Ещё один вид способностей — брейк-арты — позволяет наносить врагам большой урон, расходуя часть собственных очков жизни. Зажатие кнопки L2 на геймпаде PlayStation позволяет приостановить бой и вызвать меню быстрого доступа к магии.

Важным элементом в боевой системе является характеристика под названием «риск»; механика его применения сходна с системой очков ярости в других играх. Значение риска отображается внизу индикаторов жизни и магии. Каждая совершённая игроком атака увеличивает уровень риска, и с ним снижается точность атак, а также персонаж становится более уязвимым к вражеским ударам. При высоких уровнях риска возрастает вероятность критического удара, наносящего повышенный урон, но и враги могут убить героя несколькими ударами.

Сюжет

Игровой мир

Действие игры происходит в вымышленном мире, выполненном в антураже тёмного фэнтези, в городе Леа-Монд (Leá Monde), который расположен в королевстве Валендия (Valendia). В настоящее время Валендия охвачена гражданской войной. Леа-Монд — старинный город: он был основан за две тысячи лет до начала действия игры на острове, окруженном рифами. Стены Леа-Монда являются свидетелями многих сражений, и, как утверждается в игре, во всей Валендии не было более неприступной крепости. За 25 лет до событий игры Леа-Монд был разрушен землетрясением и превратился в город-призрак. Однако история города уходит ещё в более древние времена, когда в нем жила пророчица Мюлленкамп (Müllenkamp), жрица древней религии под названием Кильдия.

В центре города находятся Великий Собор и, в подземельях под ним, древний храм Кильдии. Со всех четырех сторон город огорожен крепостными стенами. Под землей, прямо в черте города, находятся заброшенные шахты и известняковый карьер, многочисленные катакомбы и подземелья. События пролога и эпилога игры проходят вне Леа-Монда — в торговом городе Грейлендс (Graylands), где находится поместье герцога Бардорбы, и столице Валендии — городе Вальнейн (Valnain). В Вальнейне находится штаб-квартира организации Валендийских Рыцарей Мира (Valendine Knights of Peace), к которой принадлежит главный герой Эшли Райот. При разработке дизайна Леа-Монда, Вальнейна и замка Бардорбы создатели игры вдохновлялись средневековой французской архитектурой.

Ключевым объектом в мифологии игры является Тьма (The Dark) — бесформенная, неосязаемая сущность, обитающая в Леа-Монде. Она незаметно поражает тех, кто с ней соприкоснулся, и они уже не могут умереть: даже со смертью тела их души остаются навечно привязанными к городу. Такие бесплотные души разыскивают тела, которыми могут овладеть, поэтому на улицах Леа-Монда появляются ожившие мертвецы. Однако при жизни те, кто соприкоснулся с Тьмой, получают сверхъестественные таланты — например, читать чужие мысли или наблюдать за далекими событиями. Cуществует способ управлять Тьмой и подчинить ее и все порабощенные городом души своей власти. Ключом к ней является так называемый Кровавый Грех (Blood-Sin), передаваемый от одного хранителя к другому, «наследнику», который пожертвует своей душой, отдав ее Тьме, но взамен получит власть над последней. Герцог Бардорба и Сидней пытались не допустить, чтобы эта власть попала в руки тех, кто может распорядиться ей дурным образом.