Вторичные навыки также являются важнейшими характеристиками героев, определяя умения героя в отдельных аспектах игры. Герой может владеть максимум 8 вторичными навыками.

Вторичные навыки служат для различных целей и действуют по-разному, исходя из своего предназначения. К примеру, навык Мудрость, являющийся базовым для большинства героев-магов, позволяет герою изучать заклинания 3-го, 4-го и 5-го уровней (в зависимости от ступени, до которой развит навык). А навык Логистика увеличивает максимальное расстояние, которое герой может пройти по карте приключений за один ход. Вторичные навыки появились в Heroes of Might and Magic начиная со второй версии игры, но в третьей их список был значительно расширен.

Специальности

Специальность является индивидуальным свойством героя, присущим ему с са́мого начала игры и прогрессирующим (в большинстве случаев) с повышением уровня героя.

Существует несколько видов специальностей:

• Специальности по существам — герой с такой специальностью даёт +1 к скорости данного существа, и бонусы к атаке и защите, когда оно находится в его армии. Бонусы зависят от уровня героя. Например, герой Шива обладает специальностью «Рухи» (существа 5-го уровня из города Цитадель); это означает, что на 7-м уровне рухи в её армии получат +2 к атаке и защите и +1 к скорости. Также у некоторых героев есть не развивающиеся с повышением уровня специальности: они всегда дают одинаковые бонусы к данным существам. Например, Зеро́н даёт +4 к атаке, +2 к защите и +1 к скорости всем дьяволам и архидьяволам в своём войске.
• Специальности по навыкам — такие специальности повторяют один из вторичных навыков, усиливая его действие на 5 % за уровень по следующей формуле: [бонус от уровня навыка]*(1+[уровень героя]*[0,05]).

Например, герой Эльша́р со специальностью «Интеллект», на уровне 5 при вторичном навыке «Интеллект» продвинутого уровня получает следующий бонус: 5

• 50*0.05=12,5 % плюс к предоставляемому запасу маны, то есть вместо обычных дополнительных 50 % очков заклинаний он имеет 50+12,5=62,5 %. Таким образом, если при знании героя 10, с продвинутым интеллектом количество маны героя равнялось бы 150, то у Эльшара 5 уровня этот параметр будет равен 162 (округление до меньшего целого).
• Специальности по заклинаниям — герои с такими специальностями с каждым уровнем творят данное заклинание со всё большей эффективностью. Формула: [уровень героя]*[уровень атакуемого существа]*1,03. К примеру, герой Солми́р со специальностью «Цепная молния» с каждым своим новым уровнем и с овладением навыками Магии воздуха наносит всё больший урон этим заклинанием. На слабые юниты урон больше. Для небоевых заклинаний бонус фиксированный и не зависит от уровня героя, только от уровня существа (на слабых существ бонус больше).
• Приносящие ресурсы (+1 сера, ртуть, кристалл или самоцвет или +350 золотых в день) — эта специальность фиксирована и действует независимо от уровня героя, принося каждый день данное количество ресурсов.

Есть также несколько специальностей, о которых сто́ит упомянуть отдельно:

• Снайперы — специальность героя Джелу (Гелу). Позволяет за плату улучшать эльфов, великих эльфов, лучников и стрелков до снайперов, которые умеют стрелять без штрафа на любые расстояния и через любые препятствия.
• Чародеи — специальность героя Дракон. Позволяет за плату улучшать магов, архимагов, монахов и фанатиков до чародеев, которые являются стрелками без пенальти в рукопашном бою и накладывают каждые 3 раунда случайное положительное заклинание на всех воинов игрока или случайное отрицательное заклинание на всех воинов противника.
• Скорость — специальность героя Сэр Мю́ллих (Мюллич). Независимо от уровня героя, добавляет всем войскам в его армии +2 балла к скорости.
• Магия огня — специальность героини Адриана. Она начинает игру с навыком «Магия огня» уровня Эксперт.